Sur le périmètre du SAGE LRA, on notera que la qualité des eaux des secteurs amont est assez bien préservée, sauf en ce qui concerne les matières phosphorées. Concernant les bassins urbains, stéphanois notamment, les eaux sont de moyenne à mauvaise qualité, notamment du fait des pollutions domestiques et industrielles. On notera qu’un effort important de modernisation des stations d’épuration a été conduit sur le territoire depuis l’état des lieux du SAGE et que la qualité d’un cours d’eau comme le Furan s’est significativement améliorée (les bilans qualité des cours d’eau de la Loire sont disponibles via le site rivieres.loire.fr).
Actuellement, la présence d’éléments nutritifs en excès dans l’eau, associée à des étiages plus long et plus sévères accentue un peu plus les phénomènes d’eutrophisation, en particulier sur les retenues de Grangent et Villerest, notamment en lien avec les flux de phosphore transférés et stockés dans ces barrages.