La CLE ne peut pas, juridiquement, assurer la maîtrise d’ouvrage, d’études, d’animation ou de travaux.
Elle doit donc s’appuyer sur une structure porteuse, qui fût le Département de la Loire pendant la phase d’élaboration, et qui est aujourd’hui l’Etablissement Public Loire.
Le Département de la Loire reste fortement impliqué dans la mise en oeuvre du SAGE LRA, assurant la maîtrise d’ouvrage de nombre des actions du PAGD. Il accueille en outre au sein de son service environnement la cellule d’animation du SAGE.